这一次，他们选择了沈渊改革中看似最“温和”，实则影响最深远的领域——皇明格物院。

以翰林院一位资深讲官为首，数名清流官员联名上疏，不再空谈“奇技淫巧”，而是引经据典，从儒家正统出发，对格物院的“合法性”提出质疑：

“陛下，治道在明人伦，格物致知，原为修身正心之阶，非为钻研机巧之途。今格物院所为，舍本逐末，专务器数，长此以往，恐士子趋利忘义，工匠恃技傲物，礼崩乐坏，圣学不彰！请陛下明诏，限定格物院仅为翻译西书、考据古籍之所，不得妄言创新，更不得以官爵俸禄引诱士人沉溺此道，以维世道人心！”

这一攻击，更为阴险。

它不再纠缠于具体事务的对错，而是上升到“道统”之争，试图从根本上否定科技探索的价值，将格物院限制在故纸堆里。

与此同时，在具体事务上，阻力也以更隐蔽的方式出现。

工部在拨款给“军械司标准化实验局”时，开始以“库银紧张，需优先保障陵寝修缮、百官俸禄”等理由拖延；漕运系统对登莱水师请求协助进行“海运漕粮试验”的公文，则采取“研究研究”、“条件不成熟”等官僚手段进行软抵制。

面对这种更高级别的阻击，沈渊的应对也更具策略性。

对于格物院的“道统”之争，沈渊没有选择在经义上与之纠缠。

他再次请朱由检亲临试验田和京郊新建的、采用新式水力鼓风机的冶铁坊。

在冶铁坊，朱由检亲眼看到，采用焦炭和新式鼓风技术后，生铁的日产出的质量和数量都远超旧式作坊。

沈渊指着那奔流的河水和轰鸣的机械，对皇帝说道：“陛下，此物之力，可抵百名健夫！若将此力用于打造农具，则耕地倍增；用于打造兵甲，则军力强盛！格物院所究之‘理’，便是驾驭此等力量，富国强兵之‘理’！这与圣人所言‘利用厚生’，‘开物成务’，有何相悖？”

实证面前，任何空泛的道理都显得苍白。

朱由检当即下旨，褒奖格物院“学以致用，功在社稷”，并明确其“探究天地万物之理，以利国计民生”的职能，从官方层面肯定了其地位。

对于工部、漕运的软抵制，沈渊则采取了分化瓦解和另起炉灶的策略。

他通过内卫，摸清了工部内部哪些官员是单纯的守旧，哪些是与勋贵利益捆绑过深。