证据确凿，朱由检亦不再姑息，抄家、流放、甚至处决了数人，一时间，相关衙门的风气为之一肃。

然而，沈渊深知，仅靠严刑峻法无法根除贪腐。

在处置一批蠹虫的同时，他推动了一项更具建设性的试点——在参与新政、且审计过关的部分衙门（如军械司、海权司、格物院及部分新军系统），试行“养廉银”制度。

此银并非额外加征，而是从追缴的赃款、新政带来的效率提升所节省的开支中划拨一部分，作为正式俸禄之外的补贴，发放给这些部门的官吏和匠师。

数额未必巨大，但传递的信号明确：朝廷不仅要惩罚贪墨，更要保障清廉实干者的基本体面与生活。

此举在守旧派看来，仍是“滥施恩赏，破坏祖制”，但在那些真正投身于繁杂实务的官员和技术人员中，却引发了不小的震动。一种“高薪养廉”与“严刑惩贪”相结合的新思路，开始悄然萌芽。

改革的根本在于人才。

沈渊比任何人都清楚，仅靠他与少数几人，无法支撑起一个新时代。

皇明格物院虽汇聚了一批人才，但规模有限，且被主流士林视为“异途”。

借着大胜后皇帝信任度最高的时机，沈渊再次上书，提出了一个更为大胆的构想——于北京、登莱、南京三地，设立“皇明格物书院”，并非完全脱离科举，而是作为补充。

书院将系统教授算学、几何、初步物理、地理、农工实务等“实学”，并与当地的工坊、船厂、试验田紧密联系，强调学以致用。

毕业生可通过一种特殊的“实务荐举”或未来的“特科”考试，进入与新政相关的部门任职，其身份地位，等同于科举正途出身。

此议一出，再次在朝堂引发轩然大波。

这几乎是要在现有的科举取士体系之外，另开一条晋升通道！反对者痛心疾首，认为这将导致“士风败坏，工匠胥吏充斥朝堂”。

然而，朱由检在仔细“倾听”了沈渊心中那份对未来的庞大人才需求蓝图后，再次展现出了惊人的魄力。

他并未立刻批准全国推行，而是御笔亲批，允准在北京先设“格物书院试点”，招收少量有志于此的年轻士子及工匠子弟，由徐光启、薄珏等人兼任教习，以观后效。

这小小的一步，如同在坚硬的冻土上撬开了一道缝隙。